По количеству видов и особей беспозвоночные животные доминируют во всех средах жизни, играют важную роль в природных биоценозах. Многие виды животных имеют обширный ареал, однако ареалы некоторых европейских видов ограничены Уральскими горами.
Так, по территории РБ проходит восточная граница распространения ряда видов рыб: ручьевой форели, европейского хариуса, судака, берша, сазана, голавля, подуста, жереха, чехони, быстрянки, леща, белоглазки, густеры, синца, обыкновенного сома. Северная граница ареала южной малой колюшки достигает озеро Яктыкуль. Уральскими горами ограничено распространение прудовой и травяной лягушек, краснобрюхой жерлянки и гребенчатого тритона. Лишь в южной части Башкортостана изредка встречаются болотная черепаха и степная гадюка.
В Башкирском Зауралье зарегистрированы огарь, черный турпан, белая куропатка, шилоклювка, кречетка, белокрылый жаворонок, каменка-плясунья, малая мухоловка, а в Башкирском Предуралье – пеночка-трещотка, крапивник; другте птицы имеют широкий ареал. Из млекопитающих только в южных районах встречаются пищуха малая, хомяки серый и Эверсмана, а рыжеватый или большой суслик населяет районы, расположенные на левобережье реки Белой.
В республике обитает несколько видов позвоночных, завезенных с целью обогащения фауны (из рыб – сиг-лудога, рипус, пелядь, белый амур и толстолобик; из млекопитающих – выхухоль, ондатра; реакклиматизированы марал, бобр, сурок степной, которые были уничтожены ранее). Имеются и случайные поселенцы (игла-рыба в озере Асылыкуль и ротан-головешка в ряде водоемов республики).
Большинство видов животных распространено по всей территории Башкортостана.
Отдельные виды приурочены к определенным эколого-географическим условиям. Открытые пространства населяют сурок, тушканчик, заяц-русак, степной хорек, серая куропатка, полевой жаворонок; леса – медведь, рысь, куница, бурундук, белка, рябчик; водоемы – бобр, выдра, ондатра, утки, чайки, поганки, болотная черепаха и др. Некоторые виды рыб обитают только в реках (хариус, подуст, стерлядь) и стоячих водоемах (карась, линь и др.).
По характеру пищевых связей животные подразделяются на несколько групп. Большое количество их относится к растительноядным (траво-, листо-, зерно-, плодоядные, короеды и др.), из млекопитающих – копытные и грызуны, из птиц – гуси и куриные, из рыб – красноперка, белый амур и толстолобик, из беспозвоночных в основном насекомые.
Наиболее разнообразную группу животных представляют хищники, которые распространены широко, от инфузорий до зверей. Известна группа животных (дождевые черви, наземные и водные улитки, почвенные нематоды и клещи, многоножки, различные насекомые – капрофаги и трупоеды), которая является деструктором детрита, т.е. разлагающим растительные остатки, останки животных и др. Среди животных есть паразиты, питающиеся тканями других живых организмов и являющиеся источниками возбудителей болезней. Они встречаются во всех группах беспозвоночных.
Основу промысла и любительского улова в республике составляют следующие рыбы: окунь, щука, плотва, лещь, густера, золотой и серебряный караси, голавль, язь, реже чехонь, уклейка, елец, судак, жерех. В прудовых и садковых хозяйствах выращивают в основном карпов (чешуйчатый, зеркальный, рамочный), нередко совместно с толстолобиком и белым амуром. Уфимский сиговый (рыборазвод с 1958) завод специализируется на инкубировании икры сига и пеляди, личинки которых затем выпускают в озера для подращивания до промысловых размеров.
Объектами спортивной охоты являются утиные: чирок-свистунок, чирок-трескунок, кряква, красноголовый нырок, хохлатая чернеть, реже серая утка, свиязь, широконоска и др. В определенное время открывается охота на боровую дичь (рябчик, тетерев, глухарь), а из куликов – на вальдшнепа. К числу охотничьих зверей добываемых в республике, относятся многочисленные представители семейства куньих (куница, американская норка, колонок, горностай, ласка, светлый хорек, барсук), собачьих (волк, лисица, енотовидная собака), зайцев – беляк и русак. Добыча лося, косули, кабана, медведя, бобра осуществляется строго по нормам.
Под влиянием хозяйственной деятельности человека, в результате разрушения местообитания, загрязнения водоемов и полей, прямого истребления некоторых видов животных сократилось их численность, они стали редкими (или совершенно исчезли) на территории республики. В пределах РБ перестали гнездиться пеликан, пеганка, стрепет, дрофа, степной орел, истреблен выхухоль. Редкие виды животных (многие хищные птицы, пресмыкающиеся, лососевые рыбы, некоторые насекомые, млекопитающие) занесены в Красную книгу Башкирской АССР.

